北京海淀区食品经营许可证的办理流程如下：

1. 准备申请材料：需要准备《食品流通许可申请书》、营业执照、法人身份证复印件、食品安全管理人员身份证复印件、食品安全管理制度、食品经营场所使用证明等材料。

2. 提交申请：将准备好的材料提交给当地市场监督管理局。

3. 现场核查：市场监督管理局会派员对申请人的经营场所进行现场核查，检查是否符合相关法律法规的要求。

4. 审核批准：市场监督管理局对申请人提交的材料和现场核查情况进行审核，决定是否批准颁发食品经营许可证。

5. 领取证件：如果审核通过，申请人可以到当地市场监督管理局领取食品经营许可证。

需要注意的是，不同地区和不同类型的食品经营许可证所需要的材料和流程可能会略有不同，建议在申请前先咨询当地市场监督管理局或者律师。