在海淀区申请食品经营许可证时，超市和烟酒店需要准备以下材料：

1. 食品经营许可证申请表。

2. 营业执照或其他主体资格证书复印件。

3. 适用于食品经营的主要设备设施布局、操作流程等相关资料。

4. 食品安全自查、员工健康管理、采购检验记录、食品安全事故处置等保障食品安全的规章制度。

5. 申请人还应提交自动售货设备的产品证书、具体地址、经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证公示方法等相关材料。

6. 申请人委托他人申请办理食品经营许可证的，代理人应当提交委托授权书和代理人身份证明文件。

7. 如实向食品药品监督管理部门提交相关材料，反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名盖章。

此外，对于超市和烟酒店，还需要注意以下几点：

1. 确保食品经营场所的卫生和安全，包括场所的清洁卫生、设备的维护保养、食品的储存和销售等。

2. 确保食品经营人员的健康和卫生，包括健康证明的取得和定期体检的落实。

3. 确保食品供应商的合规性和信誉度，包括供应商的资质认证和产品等。

4. 遵守相关法律法规和政策规定，包括食品安全标准、质量管理体系认证、食品进出口管理等。

以上材料和注意事项仅供参考，具体要求和标准可能会因地区和具体情况而有所不同，建议在申请前先咨询当地市场监督管理局或律师。