门头沟区食品经营许可证（小规模餐饮许可证）的办理流程一般包括以下几个步骤：

1. 准备相关资料：首先，需要根据业务类型准备相应的申请资料。对于从事食品餐饮服务的业务，需要提供的材料可能包括《食品卫生许可证申请表》、营业执照、法定代表人身份证明等。

2. 提交申请：将准备好的资料提交给门头沟区卫生健康监督所或市场监督管理局进行审核。

3. 现场核查：在提交申请后，相关部门会对经营场所进行现场核查，核实申请材料的真实性以及经营场所是否符合食品安全标准。

4. 审核批准：如果现场核查通过且申请材料齐全、符合法定形式，相关部门将予以批准并颁发食品经营许可证。

在办理过程中，如果遇到疑难问题或需要免核查的情况，可以尝试以下处理方式：

1. 咨询相关部门：在办理过程中，如果遇到材料不齐全、不符合法定形式等问题，可以咨询相关部门的工作人员，了解具体的办理要求和流程。

2. 寻求帮助：可以寻求的第三方服务机构或律师的帮助，他们可以提供的指导和支持，协助解决办理过程中的疑难问题。

3. 申请免核查：对于部分符合条件的申请人，可以尝试申请免核查。具体的免核查条件和流程需要咨询相关部门或机构。

需要注意的是，具体的办理流程和材料要求可能会因地区和政策的不同而有所差异。因此，在办理前好先咨询当地相关部门或机构，了解详细的办理要求和流程。同时，要遵守相关法律法规和规定，确保申请的合法性和规范性。