门头沟食品经营许可证的代办流程如下：

1. 准备相关文书材料：需要准备相关申请表格、法人身份证明、场所租赁合同等材料，并确保齐全、准确无误。

2. 提交申请：将相关材料提交给门头沟区卫生健康监督所或市场监督管理局（一般在行政服务中心）。

3. 现场勘查：卫生部门将安排工作人员进行现场勘查，包括对卫生设施、消防设备、废物处置等情况的检查。

4. 报送评审：经过现场勘查后，将申请材料和勘查报告提交给评审委员会进行评审。

5. 领取证书：如果评审通过，将获得食品经营许可证，并按照要求进行年度报告和换证工作。

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以上是门头沟食品经营许可证代办的基本流程，具体细节和要求可能因地区和政策而有所不同。建议在办理前仔细阅读相关规定，或咨询当地相关部门了解具体情况。