食品经营许可证和卫生许可证是两种不同的许可证，其主要区别在于其颁发机构和监管范围。

1. 颁发机构：食品经营许可证由食品药品监督管理部门颁发，而卫生许可证由卫生行政部门颁发。

2. 监管范围：食品经营许可证的监管范围是从事食品销售和餐饮服务活动的合法主体，而卫生许可证的监管范围是从事食品生产及餐饮店的经营活动的单位和个人。

另外，尽管在2016年取消了食品卫生许可证，但并不意味着食品经营许可证可以代替卫生许可证。相关规定仍需遵循，例如从事食品生产经营的单位和个人仍需符合卫生行政部门的相关要求和标准，以保障公众的食品安全和健康权益。