海淀区食品经营许可证的办理流程如下：

登录“北京市企业服务e窗通平台”，提出“证照联办”申请。

在申请营业执照的同时选择许可联办，一次性提交证照所需全部申请材料。

系统自动实现数据推送，并联审批，企业一次性办结证照业务，实现“一网申报、同步受理、一次办结”。

如果经营者委托他人办理食品经营许可申请，则代理人需要提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因各地要求而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。