朝阳区卫生许可证的办理流程一般包括以下几个步骤：

1. 准备相关资料：包括卫生许可证申请书、营业执照、法人身份证、经营场所使用证明或租赁协议、房产证明等。

2. 提交申请：将相关资料提交给所在地的市场监督管理部门或卫生健康委员会。

3. 现场核查：市场监督管理部门或卫生健康委员会会对申请人的经营场所进行现场核查，检查经营设施、卫生条件等是否符合相关法律法规和标准。

4. 审核和审批：市场监督管理部门或卫生健康委员会会对申请材料进行审核，并对现场核查结果进行评估。如果符合要求，将颁发卫生许可证。

在办理过程中可能会遇到一些疑难问题，以下是一些常见问题的处理方法：

1. 申请材料不齐全或不符合要求：如果申请材料不齐全或不符合要求，市场监督管理部门或卫生健康委员会会要求申请人补充或更正申请材料。如果申请人无法提供符合要求的材料，可能会被拒绝受理申请。

2. 经营场所不符合卫生条件：如果经营场所不符合卫生条件，市场监督管理部门或卫生健康委员会会对申请人提出整改要求，直到符合相关法律法规和标准才会颁发卫生许可证。

3. 存在违法行为：如果申请人在经营过程中存在违法行为，市场监督管理部门或卫生健康委员会会对申请人进行调查和处理，可能会影响申请人的资质和信誉。

在办理朝阳区卫生许可证时，需要认真了解相关法律法规和标准，准备齐全的申请材料，并配合市场监督管理部门或卫生健康委员会的现场核查和审核工作。如果遇到问题，可以积极与相关部门沟通并寻求解决方案。