海淀区食品经营许可证申请步骤如下：

1. 准备申请材料：包括连锁店公司的法人营业执照复印件、注册资金证明、经营场所租赁合同或产权证明、食品生产流程图或食品加工工艺流程图、食品经营许可证复印件、相关负责人的健康证明、员工健康证明等。

2. 填写申请表格：按照要求填写申请表格，确保信息的准确性和完整性。

3. 提交申请材料：将准备好的申请材料提交到海淀区食品药品监管局，注意确认材料的齐全性和真实性。

4. 现场核查：海淀区食品药品监管局将对申请材料进行审查，并对经营场所进行现场核查，核对是否符合要求。

5. 许可证领取：在申请审核通过后，前往海淀区食品药品监管局领取连锁店食品经营许可证，领取时需要携带有效身份证明。

需要注意的是，以上步骤和所需材料可能因个人情况或各区要求而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。此外，在申请过程中要保持诚实和透明，如实提供所需的信息和材料。如果有任何疑问或问题，及时与相关部门沟通。