北京市海淀区食品经营许可证的办理流程如下：

选择合适的办事窗口：在办理食品许可证的过程中，首先要确定所需办理的证照类型。在海淀区市场监管部门有专门的窗口进行食品许可证的申请和审批。不同类型的许可证所需资料不同，需要到对应的窗口进行办理。具体信息可在海淀区市场监督管理局网站上查询。

准备相关材料：根据《食品经营许可管理办法》，申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：食品经营许可申请书；营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。

提交材料：将准备好的材料提交给窗口，如果材料齐全，会领取到《材料接收凭证》或《受理通知书》，等待许可核准结果。如果需要现场核查，要配合食品药品监管部门现场核查。

领取许可证：如果顺利通过核准，可以领取《食品经营许可证》，一般情况下，整个流程需要20个工作日，如果有特殊情况，会延长10个工作日，然后10个工作日内下发许可证。

以上流程仅供参考，实际操作时建议到北京市海淀区市场监督管理局官网查询准确信息。