代办北京市地下空间备案消防许可证的费用会因不同的代办机构和具体情况而有所差异。由于具体的费用涉及多个因素，包括服务机构的收费标准、申请企业的具体需求、地下空间的规模与复杂性等，因此无法给出确切的费用数字。

不过，为了确保费用的“清晰”和“透明化”，您可以采取以下措施：

与代办机构详细沟通：在选择代办机构之前，与他们进行充分的沟通，明确您的需求和期望。询问他们的服务内容和收费标准，确保双方对服务范围和费用有清晰、一致的理解。

要求明确报价：要求代办机构提供详细的报价清单，列明每项服务的费用及包含的内容。这样可以确保您了解每项费用的来源和用途，避免后续出现争议。

签订正式合同：与代办机构达成合作意向后，签订正式的合同或协议。合同应明确列出服务内容、费用、付款方式、服务期限、违约责任等关键条款，以确保双方权益得到保障。

谨慎选择代办机构：在选择代办机构时，要谨慎选择有资质、信誉良好的机构。可以通过查询其资质证书、客户评价等方式来评估其性和可靠性。

总之，为了确保代办北京市地下空间备案消防许可证的费用“清晰”和“透明化”，您需要与代办机构进行充分的沟通，并要求他们提供明确的报价清单和签订正式的合同。这样可以确保您的权益得到保障，避免后续出现不必要的纠纷。