通州区地下一层超市/餐饮地下空间备案、食品经营许可证、卫生许可证的办理可能会遇到以下难点：

地下空间的特殊性：由于地下空间的特殊性质，如通风（通风系统不完善）、排水（排水管道可能存在隐患）、消防（消防设施可能不完善）等方面的问题，可能对超市和餐饮经营带来一定的安全隐患。因此，在办理相关证照时，需要特别注意这些方面的问题，并采取相应的措施加以解决。

食品安全要求：食品经营许可证的办理需要满足一系列食品安全要求，如食品采购、储存、加工、销售等方面的规定。对于地下空间的超市和餐饮经营，需要特别注意食品储存和加工环境的卫生条件，以及食品销售的安全措施，确保食品安全。

卫生条件要求：卫生许可证的办理需要满足卫生部门对场所卫生条件的一系列要求，包括场所清洁卫生、消毒设施、卫生间设施等方面的规定。对于地下空间的超市和餐饮经营，需要特别注意场所的通风和排气，以及防止蚊虫和鼠类的滋生等问题。

法律法规和政策要求：在办理相关证照的过程中，需要遵守一系列法律法规和政策要求，如《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国卫生法》等。同时，还需要了解当地政府对地下空间使用的具体规定和政策要求，以确保申请符合相关规定。

总之，通州区地下一层超市/餐饮地下空间备案、食品经营许可证、卫生许可证的办理需要充分了解相关法规和政策，确保符合各项要求，同时采取相应的措施解决地下空间特有的问题，才能顺利获得相关证照，合法开展经营活动。

解决这些证照办理难点的方法和手段主要包括以下几个方面：

深入了解法律法规和政策：在申请证照之前，需要深入了解相关法律法规和政策，特别是对地下空间使用的规定和要求。这样可以确保申请符合政府的要求，避免在申请过程中出现不符合规定的情况。

完善地下空间的安全设施：对于地下空间特有的安全问题，需要特别注意通风、排水、消防等方面的安全设施。在超市和餐饮经营过程中，需要定期检查和维护这些设施，确保其正常运行和使用安全。

提高食品安全管理水平：食品经营许可证的办理需要满足一系列食品安全要求。因此，超市和餐饮经营需要建立完善的食品安全管理制度，加强食品采购、储存、加工、销售等方面的管理，确保食品质量安全。

加强卫生清洁和消毒：卫生许可证的办理需要满足卫生部门对场所卫生条件的要求。超市和餐饮经营需要加强场所的清洁卫生工作，定期进行消毒处理，保持环境清洁。同时，还需要配备相应的卫生设施，如卫生间、洗手设施等。

寻求指导和帮助：在申请证照的过程中，可以寻求指导和帮助，如咨询相关领域的专家或律师，了解具体的法律法规和政策要求，以及申请流程和注意事项等。这样可以避免在申请过程中出现错误或遗漏，提高申请的效率和成功率。

综上所述，解决通州区地下一层超市/餐饮地下空间备案、食品经营许可证、卫生许可证办理难点的方法和手段需要从多个方面入手，包括深入了解法律法规和政策、完善地下空间的安全设施、提高食品安全管理水平、加强卫生清洁和消毒以及寻求指导和帮助等。这些方法和手段的实施可以提高申请的效率和成功率，保障超市和餐饮经营的合法性和安全性。