办理通州区特种行业许可证和卫生许可证时，需要注意以下几点：

了解相关法律法规和审批机关要求：在申请前，务必仔细阅读相关法律法规和审批机关的具体要求，确保自身条件符合要求，以提高申请成功率。

提交完整的申请材料：按照要求准备并提交完整的申请材料，包括呼吸系统预防性疾病诊断报告、医疗机构申请表、健康证明复印件、负责人身份证明复印件、经营场所环境合格证书等。确保材料的真实性、准确性和完整性。

关注公共卫生许可法的相关规定：比如，公共场所经营者不得向未成年人提供食物或者饮料，但可以在该公共场所内设置简易厕所供未成年人使用。凡患有传染性、流行性呼吸道传染病及其他法定禁止从事营业活动行为的人员，需特别注意相关规定。

保持与审批机关的沟通：在申请过程中，保持与审批机关的沟通，及时了解申请进度和可能存在的问题，以便及时采取措施解决。

注重经营场所的卫生和安全：在申请过程中，审批机关会对经营场所进行卫生和安全检查。因此，应特别注意经营场所的卫生状况、消毒措施、员工个人卫生等方面，确保符合相关标准。

遵守办理时限：注意办理时限的规定，确保在规定时间内完成申请和补充材料等工作，避免因超时而影响申请结果。

寻求指导：如遇到问题或困难，可寻求指导或咨询相关机构，以确保申请过程顺利进行。

以上内容仅供参考，如需获取更准确的信息，建议咨询当地相关或机构。