申请海淀区快餐店食品经营许可证需要准备以下文件：

食品经营许可证申请书；

营业执照或其他主体资格证明文件复印件；

法定代表人（负责人）和食品安全管理人员的名册、身份证明复印件；

食品安全管理员的证明材料；

与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；

经营设施及设备清单；

食品安全管理制度清单；

申报材料真实性承诺书；

代理人身份证及复印件（代理人申请时提供）；

食品安全培训证明（从业人员需要）。

以上信息仅供参考，具体要求可能会因地区和政策的不同而有所差异。建议在办理前，先咨询当地食品药品监督管理部门或相关机构，以了解详细的要求和流程。