北京亦庄学校工厂园区排水排污许可证办理过程中的疑难问题可能包括：

申请材料不齐全或不符合要求：在办理排水排污许可证的过程中，需要提交一系列的申请材料，如企业基本情况、排污情况、排污许可证申请表、环境影响评价报告等。如果申请材料不齐全或不符合要求，可能会导致申请被驳回或延误审批。

现场检查不合格：在提交申请材料后，通常需要进行现场检查以确认企业的排污情况和环保设施的运营状况。如果现场检查不合格，可能需要重新整改，甚至会被拒绝颁发许可证。

对许可条件和审批流程不够了解：排水排污许可证的许可条件和审批流程可能比较复杂，如果对相关规定和要求不够了解，可能会导致申请过程中出现错误或延误。

缺乏的代办服务：由于排水排污许可证的申请需要的代办服务，如果缺乏的代办服务，可能会导致申请过程中出现不必要的麻烦和延误。

为了解决这些疑难问题，可以寻求的代办机构的帮助。代办机构可以提供全面的咨询和代理服务，帮助您顺利获得许可证，快速解决问题。代办机构的团队将为您提供全方位的支持和帮助，包括申请材料的准备、现场检查的协调等，确保您的许可证办理过程顺利进行。

如果您需要代办服务，可以咨询相关的代办机构或人士获取具体信息和服务