北京亦庄学校工厂园区排水排污许可证办理过程中可能会遇到以下疑难问题：

申请材料不齐全或不符合要求：排水排污许可证的申请需要提交一系列材料，包括企业基本情况、排污情况、排污许可证申请表等。如果材料不齐全或不符合要求，可能会导致申请被驳回或延误审批。

现场检查不合格：现场检查是排水排污许可证审批的重要环节，如果现场检查不合格，可能需要重新整改，甚至会被拒绝颁发许可证。

审批周期过长：排水排污许可证的审批需要经过多个环节，包括材料审核、现场检查等，审批周期可能会比较长，需要耐心等待。

对许可条件和审批流程不够了解：排水排污许可证的许可条件和审批流程可能比较复杂，如果对相关规定和要求不够了解，可能会导致申请过程中出现错误或延误。

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