海淀区食品经营许可证办理过程中可能会遇到以下疑难问题：

申请材料不齐全或不符合要求：由于食品经营许可证的审批需要严格审核申请材料，如果申请材料不齐全或不符合要求，可能会导致申请被驳回或延误审批。

现场检查不合格：现场检查是食品经营许可证审批的重要环节，如果现场检查不合格，可能需要重新整改，甚至会被拒绝颁发许可证。

审批周期过长：食品经营许可证的审批需要经过多个环节，包括材料审核、现场检查等，审批周期可能会比较长，需要耐心等待。

对许可条件和审批流程不够了解：食品经营许可证的许可条件和审批流程可能比较复杂，如果对相关规定和要求不够了解，可能会导致申请过程中出现错误或延误。

针对以上疑难问题，可以寻求代办机构的帮助，这些机构可以提供的咨询和代理服务，帮助您顺利通关，一切从简。代办机构的团队将为您提供全面的咨询和代理服务，帮助您解决许可证办理过程中的疑难问题，并快速获得许可证。如果您需要代办服务，可以咨询相关的代办机构或人士获取具体信息和服务。