丰台区食品经营许可证的疑难问题可能包括以下几个方面：

申请资料准备不充分：在申请食品经营许可证时，需要提交一系列的申请资料，如申请人的身份证明文件、食品经营场所的租赁合同或购买合同、食品经营者的食品安全管理人员证书等。如果申请资料准备不充分，可能会被驳回申请，导致申请过程更加繁琐。

许可条件不明确：食品经营许可证的许可条件包括食品安全管理人员的配置、食品经营场所的卫生条件等。如果申请人对许可条件不够了解，或者未达到许可条件，可能会被拒绝颁发许可证。

审批流程不透明：食品经营许可证的审批流程可能比较复杂，包括申请材料的审核、现场检查等多个环节。如果申请人对审批流程不够了解，可能会导致申请过程受阻。

审批周期过长：由于食品经营许可证的审批需要经过多个环节，因此审批周期可能会比较长。申请人需要耐心等待，并配合相关部门的审查和现场检查等工作。

其他疑难问题：此外，还可能存在一些其他疑难问题，如现场检查不合格、食品安全管理人员证书过期等。这些问题可能会导致申请过程更加繁琐，需要申请人积极配合解决。

如果遇到以上问题，建议咨询代办服务机构或丰台区食品药品监督管理局等相关部门，以获取具体信息和解决方案。