海淀区食品经营许可证的办理流程如下：

准备申请材料：需要准备的材料包括《食品经营许可证申请表》、法人或负责人身份证明、经营场所租赁证明、商标注册证明（如拥有）、食品安全管理人员证书、食品经营许可证原件和复印件等。每份材料都需要严格按照要求准备，确保申请能够顺利通过。

提交申请：将所需材料提交给海淀区食品药品监督管理局窗口进行申请。

审核审批：海淀区食品药品监督管理局将对提交的申请进行审核。

缴费核发：审核通过后，缴纳相关办理费用，并领取食品经营许可证。

在办理过程中，可能会遇到以下疑难问题：

申请材料不齐全或不符合要求：在这种情况下，需要按照要求重新准备材料，确保所有材料都符合规定。

申请被驳回：如果申请被驳回，需要了解驳回的原因，并进行整改。整改完成后，可以重新提交申请。

审核时间过长：如果审核时间过长，可以联系海淀区食品药品监督管理局窗口咨询相关进展情况。

许可证颁发后未及时领取：如果因为某些原因未及时领取食品经营许可证，需要重新提交申请并等待审核。

许可证使用问题：如果在许可证使用过程中遇到问题，可以联系相关部门或机构寻求帮助。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因地区和政策的不同而有所差异。建议在办理前咨询当地食品药品监督管理局或相关机构的工作人员，以获取准确且新的信息。