海淀区小规模餐饮食品经营许可证的申请流程如下：

申请人需要先在工商行政管理部门进行注册，并获得企业名称预先核准通知书。

申请人需要准备好相关的申请材料，包括营业执照、餐饮服务许可证、经营场所租赁合同、员工健康证等。

申请人需要向所在地的食品药品监管部门提交申请材料。

食品药品监管部门会对申请材料进行审核，并组织现场核查。

如果审核通过，食品药品监管部门会颁发餐饮服务许可证。

需要注意的是，在申请过程中，申请人需要遵守相关的法律法规和标准，确保店铺的卫生和质量符合要求。同时，申请人还需要积极配合食品药品监管部门的审核和检查工作，及时整改和解决问题。