食品经营许可证的办理流程主要包括以下步骤：

提交申请：向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交食品经营许可申请书等保证食品安全的规章制度等材料。

审查材料：县级以上地方食品药品监督管理部门对申请人提出的食品经营许可申请进行处理，包括对提交的材料进行审核，确定申请材料是否齐全、符合法定形式。

现场核查：如果需要对申请人的经营场所、设备设施、操作流程等进行现场核查，申请人需配合监管部门进行核查。

作出决定：经过审查和现场核查后，县级以上地方食品药品监督管理部门将根据审查和核查情况，作出是否准予经营许可的决定。

颁发许可证：如果决定准予颁发食品经营许可证，将在10个工作日内颁发许可证。如果决定不予颁发许可证，将及时告知申请人并说明理由。

在申请食品经营许可证时，需要准备以下材料：

食品经营许可申请书。

营业执照或者其他主体资格证明文件复印件。

与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件。

食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。

请注意，具体流程和所需材料可能因地区和政策的不同而有所差异。建议在办理前与相关部门或代办机构进行详细咨询，以确保顺利办理相关手续。