企业在申请食品经营许可证时，需要按照以下步骤进行：

准备食品经营许可证的申请表，该申请表可以在当地食品药品监督管理局的网站上下载。

准备相关证件和材料，包括企业法人营业执照、税务登记证、组织机构代码证、食品安全管理人员聘任证书、场地租赁协议等。

在当地市场监督管理局提交以下相关资料：

《食品流通许可申请书》

《名称预先核准通知书》复印件

与食品经营相适应的经营场所的使用证明

负责人及食品安全管理人员的身份证明

与食品经营相适应的经营设备、工具清单

与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件

食品安全管理制度文本

省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料

市场监督管理局会派员到申请人所在的场所进行现场审查，检查是否符合相关法律法规的要求。

审核申请人提交的材料和现场审查情况，决定是否批准颁发食品经营许可证。

如果审核通过，申请人可以到当地食品药品监督管理局领取食品经营许可证。

需要注意的是，不同地区和不同类型的食品经营许可证所需要的材料和流程可能会略有不同，建议在申请前先咨询当地食品药品监督管理局或者律师。